Am 12. Dezember 2005 erstatteten Human Rights Watch sowie mehrere usbekische Staatsangehörige Strafanzeige gegen Almatov und weitere Mitglieder der usbekischen Regierung und hochrangige Militärs wegen der mutmaßlichen Begehung von Verbrechen nach dem Völkerstrafgesetzbuch. Die Anzeige umfasste zwei Komplexe: zum einen der Tatvorwurf der systematischen Folter, zum anderen das Massaker in Andischan am 13. Mai 2005, dem zwischen 700 und 1000 Menschen zum Opfer fielen.

Almatov hielt sich im Herbst 2005 zu einer Heilbehandlung in einem Krankenhaus in Hannover auf, verließ dieses jedoch zu einem unbekannten Zeitpunkt.

Die Generalbundesanwaltschaft stellte das Verfahren nunmehr nach § 153 f StPO ein.

Fast vier Jahre nach dem Inkrafttreten des VStGB hat die Generalbundesanwaltschaft in keinem in der Öffentlichkeit bekannt gewordenen Strafanzeigen nach dem VStGB Ermittlungen aufgenommen. Das VStGB bleibt damit ein symbolisches Gesetz ohne Anwendung.