Die Ankagebehörde des ICTY wirft Gotovina die Beteiligung an Verbrechen gegen die Menschlichkeit und Kriegsverbrechen während der sogenannten Operation Sturm, in der die kroatische Armee serbisch besetzte Gebiete in der Krajina zurückeroberte, vor.

Gotovina wurde am 7.12.2005 auf der spanischen Insel Teneriffa verhaftet. Er befand sich seit dem Jahr 2001 auf der Flucht. Der Fall Gotovina wurde als Testfall für die Bereitschaft der Republik Kroatien zur Zusammenarbeit mit dem ICTY angesehen.